陈实（Chen Shi）

职称：美国微生物科学院Fellow、国家基金委杰出青年基金获得者、教授、博士生导师

通讯地址: 湖北省武汉市武昌区东湖路185号（邮编：430071），9778818威尼斯

办公地址:9778818威尼斯医学部(中南医院旁边)8号楼801室

学习工作简历

1994 – 2000 华中农业大学生物技术六年制本硕连读专业

2000 – 2004 获上海交通大学生物化学与分子生物学博士学位

2001 – 2002 作为访问博士生赴韩国高等科技学院合作研究

2005 – 2007 赴美国麻省理工学院进行博士后研究

2007 – 2011 在美国哈佛大学进行研究工作

2011 - 至今  9778818威尼斯教授  

业绩概要

以通讯或共通讯作者在PNAS (2018, 2017, 2011), Nature Communications (2019, 2014), Angew Chem Int Ed, Nucleic Acids Research, Autophagy, FEMS Microbiology Reviews, Trends in Cell Biology, Biotechnology Advances，Medicinal Research Reviews, Theranostics, mBio, Molecular Microbiology, Protein and Cell, Biotechnology Journal, Current Genetics等发表论文。

美国微生物科学院Fellow

任Microbiological Research和BMC Systems Biology副主编。

任中国遗传学会微生物遗传专业委员会副主任。

国际化学生物学协会国际委员会成员。

获奖情况

2020年  美国微生物科学院Fellow (Fellow of American Academy of Microbiology)

2019年  国家基金委杰出青年基金

2018年  9778818威尼斯朱裕璧医学奖

2017年  湖北省医学领军人才
2017年  9778818威尼斯杰出青年（教职工）
2016年  中国微生物学会学术年会优秀学术论文奖
2015年  高等学校科学研究优秀成果奖自然科学一等奖
2015年  9778818威尼斯医学部医学突出贡献奖
2014年  中国微生物学会学术年会优秀学术论文奖
2012年  9778818威尼斯医学部医学突出贡献奖
2008年  国家自然科学奖二等奖
2008年  新加坡陈嘉庚基金会第六届陈嘉庚青少年发明奖（上海）（铜奖）
2007年 《环球科学》2007年度全球十大科学新闻
2007年  上海市优秀发明奖选拔赛二等奖
2007年  新加坡陈嘉庚基金会第五届陈嘉庚青少年发明奖（上海）（铜奖）
2006年  上海市研究生学位论文优秀成果
2004年  上海市科技进步一等奖
2004年  上海市新长征突击手“标兵”
2004年  新加坡陈嘉庚基金会第二届陈嘉庚青少年发明奖（上海）（银奖）
2004年  明治乳业生命科学优秀奖
2004年  上海-联合利华研究与发展基金奖学金

研究兴趣与方向

1．基因组修饰及编辑

利用最新发展的前沿技术，对细胞或病原菌基因组进行精确地鉴定、修饰和编辑，鉴定细菌宿主对病毒的防御机制，结合表观遗传学、基因组学、蛋白组学等，发展出特定设计的工程细胞，解析这些表观遗传学修饰或基因组改造对细胞生命活动或对病原菌侵染能力的影响，并阐明这些修饰或改造对超级耐药菌的作用。

2．DNA骨架的磷硫酰化生理修饰

与任何DNA或RNA修饰不同，DNA的磷硫酰化是DNA骨架上发现的第一例生理修饰，又称为DNA 骨架上的硫修饰，或DNA的第六元素。入选《环球科学》2007 年度“全球十大科学新闻”。磷硫酰化修饰由一系列基因来完成，在不同的细菌宿主中表现出识别序列特异性，空间构象特异性。磷硫酰化修饰拓展了DNA的元素组成并丰富了DNA 结构，打开了一个新的学科领域。

3．创新药物的设计与改造

依据药物生物合成的机理及对神经、肿瘤等重大疾病致病机理的认识，通过全面的病理分析，合理筛选并设计潜在药物，并通过前沿技术合成生物学、基因组编辑、基因工程、蛋白质工程、代谢工程及组合生物合成途径进行优化改造，发展相应的创新药物和治疗手段，以获得性能改善并可应用于临床的创新药物。

招生招聘

热情欢迎坚韧，进取，有理想，勤奋的硕博学生一起共同探索。欢迎有志于进入本课题组读研的本科生加入业余科研或定向培养。

诚聘微生物学，表观遗传学，细胞生物学，生物化学与分子生物学，免疫学，生物信息学，创新药物的设计与改造方向博士后4名，为博士后提供20-25万元年薪。

代表性学术论文: (*corresponding author) (#co-first author)

1.     Chen C, Wang L, Chen S, Wu X, Gu M, Chen X, Jiang S, Wang Y, Deng Z, Dedon P, Chen S*. Convergence of DNA methylation and phosphorothioation epigenetics in bacterial genomes. Proc Natl Acad Sci U S A, 2017, doi: 10.1073/pnas.1702450114.

2.     Tong T#, Chen S#, Wang L#, Tang Y#, Ryu JY, Jiang S, Wu X, Chao Chen C, Luo J, Deng Z, Li Z, Lee SY*, Shi Chen*. Occurrence, evolution, and functions of DNA phosphorothioate epigenetics in bacteria, Proc Natl Acad Sci U S A, 2018, doi:10.1073/pnas.1721916115.

3.     Lei Xiong#, Siyi Liu#, Si Chen#, Yao Xiao#, Bochen Zhu, Yali Gao, Yujing  Zhang, Beibei Chen, Jie Luo, Zixin Deng, Xiangdong Chen, Lianrong Wang, Shi Chen*. A new type of DNA phosphorothioation-based antiviral system in archaea. Nature Communications, 2019, Apr 11;10(1):1688. doi: 10.1038/s41467-019-09390-9.

4.     Cao B. #, Chen C. #, DeMott M.S. #, Cheng Q., Clark T.A., Xiong X., Zheng X., Butty V., Levine S.S., Yuan G., Boitano M., Luong K., Song Y., Zhou X., Deng Z., Turner S.W., Korlach J., You D.*, Wang L.*, Chen S.*, Dedon P.C. Genomic mapping of phosphorothioates reveals partial modification of short consensus sequences. Nature Communications, 2014, 5, doi:10.1038/ncomms4951.

5.     Wang L, Chen S*, Vergin KL, Giovannoni SJ, Chan SW, Demott MS, Taghizadeh K, Cordero OX, Cutler M, Timberlake S, Alm EJ, Polz MF, Pinhassi J, Deng Z, Dedon PC*. DNA phosphorothioation is widespread and quantized in bacterial genomes. Proc Natl Acad Sci U S A, 2011, 108 (7): 2963-2968.

6.     Wang L, Jiang S, Chen C, He W, Wu X, Wang F, Tong T, Zou X, Li Z, Luo J, Deng Z, Chen S*. Synthetic genomes: from DNA synthesis to genome design. Angew Chemie Int Ed., 2018, 57: 2~11.

7.     Wang L, Jiang S, Deng Z, Dedon P, Chen S*. DNA phosphorothioate modification – a new multi- functional epigenetic system in bacteria. FEMS Microbiology Reviews, 2019, 43(2), 109–122. https://doi.org/10.1093/femsre/fuy036

8.      Deng Z, Lim J, Wang Q, Purtell K, Wu S, Palomo GM, Tan H, Manfredi G, Zhao Y, Peng J, Hu B, Chen S*, Yue Z*. ALS-FTLD-linked mutations of SQSTM1/p62 disrupt selective autophagy and NFE2L2/NRF2 anti-oxidative stress pathway. Autophagy, 2019 Jul 30:1-15. doi: 10.1080/15548627.2019.1644076.

9.  Chen Y., Deng Z, Jiang S., Hu Q., Liu H., Zhou S., Ma W., Chen S.*, Zhao Y*. Human cells lacking coilin and Cajal bodies areproficient in telomerase assembly, trafficking and telomere maintenance. Nucleic Acids Research, 2014, 1-11, doi: 10.1093/nar/gku1277.

10. Zou X#, Wang L#, Li Z, Luo J, Wang Y, Deng Z, Du S, Chen S*. Genome engineering and modification toward synthetic biology for the production of antibiotics. Medicinal Research Reviews, 2018, 38(1): 229~260.

11. Wang F#, Wang L#, Zou X., Duan S., Li Z., Deng Z., Luo J., Lee S. Y.*, Chen S*. Advances in CRISPR-Cas systems for RNA targeting, tracking and editing. Biotechnology Advances, 2019, https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2019.03.016.

12. Deng Z, Purtell K Lachance V, Wold M, Chen S*, Yue Z*. Autophagy Receptors and Neurodegenerative Diseases. Trends in Cell Biology, 2017, 27(7).491~504. doi.org/10.1016/j.tcb.2017.01.001.

13.  Wu S#, Wang L# ; Gan R, Tong T, Bian H, Li Z, Du S, Deng Z, Chen S*. Signature arsenic detoxification pathways in Halomonas sp. GFAJ-1, mBio, 2018, May 1; 9 (3): e00515-18. doi: 10.1128/mBio.00515-18.

14.  Xia S, Chen J, Liu L, Wei Y, Deng Z, Wang L, Chen S*. Tight control of genomic phosphorothioate modification by the ATP-modulated autoregulation and reusability of DndB. Molecular Microbiology, 2019 April, 11(4): 938-950. doi: 10.1111/mmi.14186.

15. Huang Q, Wang F, Yuan C, He Z, Rao L, Cai B, Chen B, Jiang S, Li Z, Chen J, Liu W, Guo F, Ao Z*, Chen S*, Zhao X*. Gelatin Nanoparticle-Coated Silicon Beads for Density-Selective Capture and Release of Heterogeneous Circulating Tumor Cells with High Purity. Theranostics, 2018, 8(6): 1624~1635

16.  Liu L, Zhang Y, Jiang D, Du S, Deng Z, Wang L, and Chen S*. Recent Advances in the Genomic Profiling of Bacterial Epigenetic Modifications. Biotechnology Journal, 2019, 14, 1800001. DOI: 10.1002/biot.201800001.

17.Yan G, Chen X, Du S, Deng Z, Wang L, Chen S*. Genetic mechanisms of arsenic detoxification and

metabolism in bacteria. Current Genetics, 2019, 65: 329–338, doi.org/10.1007/s00294-018-0894-9.

18. Chen S.*, Wang L., Deng Z*. Twenty years hunting for sulfur in DNA. Protein & Cell, 2010, 1(1): 14-21.  

19. Wang L.#, Chen S.#, Xu T., Taghizadeh K., Wishnok J., Zhou X., You D., Deng Z, Dedon P. Phosphorothioation of DNA in bacteria by dnd genes. Nature Chemical Biology, 2007, 3(11): 709-710.

20. Chen S.#, Galan M. C.#, Carla Coltharp, O’Connor S. E. Redesign of a central enzyme in alkaloid biosynthesis. Chemistry & Biology, 2006, 13(11): 1137-41.

21. Chen S, Huang X, Zhou X, Bai L, He J, Jeong KJ, Lee SY, Deng Z. Organizational and mutational analysis of a complete FR-008/candicidin gene cluster encoding a structurally related polyene complex. Chemistry & Biology, 2003, 10(11): 1065-76.

22. Chen S.#, Mao X.#, Shen Y., Zhou Y., Li J., Wang L., Tao X., Yang L., Wang Y., Zhou X., Deng Z., Wei D.  Tailoring the P450 monooxygenase gene for FR-008/candicidin biosynthesis. Applied and Environmental Microbiology, 2009, 75(6): 1778-81.